Son de ese color por tener una mayor cantidad de melanóforos ( células pertenecientes a una de las capas de la piel) distribuídos por toda la superficie corporal que los ejemplares dorados comunes. 

Según los reflejos de luz que sobre ellos se dirija, se pueden ver las manchas clásicas (rosetas) en un negro más oscuro aún y en algunos ejemplares hasta se ven a simple vista, como si estuviesen en un punto intermedio entre ambos.

No es mucha la información que existe sobre este tipo de Yaguaretés. Aparentemente se encuentran más de estos individuos en sectores selváticos y no así en lugares abiertos como sabanas y prados.

Se dice que de cada 100 ejemplares amarillos, nace uno negro, pero no hay ninguna evidencia científica de que esto sea cierto.

En Misiones se han registrado muchos casos de Jaguares negros, hay citas de avistajes en casi todos los puntos geográficos en donde todavía habita, desde Iguazú hasta Jardín América, pasado por Yabotí y la zona central de las sierras, pero son claramente más escasos que los "comunes".

En las Yungas (Salta y Jujuy) los registros que poseemos son todos de la zona norte y básicamente en zonas de selva Pedemontana de los departamentos de Orán y San Martín. Es llamativo el hecho de que la mayoría de la población de los lugares donde se han producido avistajes, no tienen conocimiento de qué animal es cuando lo observan, algunos lo llaman pantera negra, pero otros directamente no saben de qué se trata.

Tres registros, 2 avistajes y 1 cazado, en Acambuco y Macueta, Provincia de Salta, (1993/4) corresponden a ejemplares «claros» (posiblemente albinos). (5)

Por último, en una misma camada de cachorros pueden haber ejemplares dorados y negros, a pesar de ser hermanos. Este es un fenómeno común en otras especies de felinos (leopardos, gatos monteses, yaguaroundí).